1、自行取证或委托律师调查取证
企业自身当然最为了解其自由的商业秘密的有关情况，例如企业自身所想要保护的信息的秘密点，因此企业自身最为取证这无可厚非，但由于商业秘密案件对证据的要求较高，对于取证的范围和方式等企业可能无法较好的把握，故企业可以选择聘请专业的律师来帮助完成取证工作。
专业的律师，尤其是擅长处理商业秘密案件的专业律师，往往具有丰富的法律知识和实践办案经验，有娴熟的诉讼技巧，有能力针对商业秘密案件的专业性强和复杂性为企业保护商业秘密调查取证。
我国《律师法》第三十五条规定律师自行调查取证的，凭律师执业证书和律师事务所证明，可以向有关单位或者个人调查与承办法律事务有关的情况。该规定赋予了律师在不同阶段享有不同程度的调查取证权，这项权力给律师调查取证提供了便利条件。
2、公证机关进行公证保全
公证取证就是以公证机关的公信力，将权利人取证的过程记录下来，将取得的证据封存在公证机关，在诉讼时提交法庭，作为诉讼的证据。随着我国公民对公证制度愈渐深入的了解，公证证明越来越多地出现在诉讼中。据了解，我国公证部门目前所从事的主要业务中，公证取证占了很大的比重。由于法院身份特殊，而公安、工商部门又不可能对每个案子投入巨大精力物力进行取证，公证部门实际上起到了辅助取证的重要作用。
3、向法院申请证据保全
我国《民事诉讼法》第七十四条规定，在证据可能灭失或者以后难以取得的情况下，诉讼参加人可以向人民法院申请保全证据。提出诉前证据保全申请，应当以书面形式，且一般应在举证期限届满前提出。
在诉前阶段，当商业秘密权利人收集侵权人侵权的证据时，发现侵权人正在积极作为毁灭、转移证据，或者由于证据自身的特性可能灭失的情况，可以申请法院采取诉前证据保全，人民法院受理申请后，审查认为符合诉前证据保全条件的，裁定予以批准，并立即执行。但同时申请人也应当依据法律相关规定缴纳保全费用和提供证据线索。
4、申请法院调查取证
申请法院调查取证对于有些特殊的证据材料，由于企业和个人等一般人是无法取得的，因而《最高人民法院关于民事诉讼证据的若干规定》第十七条规定，符合下列条件之一的，当事人及其诉讼代理人可以申请人民法院调查收集证据:
申请调查收集的证据属于国家有关部门保存并须人民法院依职权调取的档案材料;
涉及国家秘密、商业秘密、个人隐私的材料;当事人及其诉讼代理人确因客观原因不能自行收集的其他材料。
5、向工商行政机关申请调查取证
商业秘密权利人发现商业秘密被侵犯时，可以根据《关于禁止侵犯商业秘密行为的若干规定》的规定向各级工商行政管理机关申请查处。工商管理机关在查处过程中有权对侵权产品进行查封、可以根据需要查阅、复制与案件有关的合同、账册等有关文件;询问当事人和证人;采用测量、拍照、摄像等方式进行现场勘验。工商管理机关依法通过以上行为获取的文件、笔录和实物都是证明侵权人侵权的有力证据，在法庭上具有很高的证据效力。商业秘密权利人可以根据发现侵权行为时的具体情况，决定是否采取该种途径收集证据。
6、通过公安机关调查取证
公安机关是我国法定的侦查案件的机关，拥有强大的侦查力量体、先进的技术设备，丰富的侦查经验，国家赋予其侦查权力。侵犯商业秘密罪刑事案件一般具有犯罪手段隐蔽、被害人举证困难的特点，选择公安机关介入是比较明智的选择。我国《刑事诉讼法》规定，商业秘密权利人发现侵害事实时，可以向公安机关报案，公安机关认为满足立案侦查条件的予以立案，并且采用专门的侦查手段调查取证。
