1、物理过滤：利用机械办法将水中较大的颗粒隔出掉。如剩余的饲料颗粒、死亡鱼只的尸骨、鱼体的排泄物、分泌物、呕吐物、体表粘液等，一般多使用海绵、喷胶棉、细网目的尼龙网、棕榈叶纤维等。通常是设置在过滤系统的初始端，便于清洗。
2、生物过滤： 培养有益菌菌，通过细菌分解有害元素，如：氨盐、亚硝酸盐、硝酸盐酸盐等等。常用的滤料有：生化球、陶瓷环、玻璃环、珊瑚砂等等（最主要的过滤方式，维持生态系统）。
3、化学过滤： 利用化学除去水的杂质的办法，所使用的制剂有水质安定剂、絮凝剂、除藻剂、蛋白质分解剂、除臭剂等等。
4、吸附过滤：木材、煤炭、果壳、动物骨等含碳量极高的物质能吸附海水中的蛋白质、微量元素、脱色、除异味，连臭氧的分子也能被它吸收。鱼儿的尿液，水中的微藻以及药物也都能被它吸附掉。
5、光合细菌，水族箱中若光合细菌，它将那些有机质或硫化氢等物质加以吸收利用，而使耗氧的异营性微生物因缺乏营养而转为弱势，因而降低发生有毒分解产物的机会，同时，底质中的水质借以得到净化，而促使养殖的水族生物的健康成长。
